Przeciwnie niż to sugeruje etymologia (gr.
atomos ‘niepodzielny’) atom ma strukturę złożoną; składa się z jądra o dodatnim ładunku elektrycznym otoczonego ujemnie naładowanymi elektronami; w obojętnym elektrycznie atomie dodatni ładunek jądra jest równy sumarycznemu ujemnemu ładunkowi elektronów; pomiędzy elektronami a jądrem atomu działają siły przyciągania elektrostatycznego. Rozmiary atomu są rzędu 10
−10 m, przy czym rozmiary jądra atomowe są ok. 10
5 razy mniejsze; masy atomów zawierają się w granicach 10
−27–10
−25 kg i praktycznie całe są skupione w jądrach (pomiary mas atomów przeprowadza się metodą spektrometrii mas). Jądro atomowe jest także układem złożonym — zawiera
protony (o ładunku elektrycznym dodatnim) i (oprócz jądra wodoru)
neutrony (obojętne elektrycznie); protony i neutrony — określane wspólnym mianem nukleony — są związane siłami jądrowymi; z kolei każdy nukleon składa się z 3 kwarków (proton z 2 kwarków
u i jednego
d, neutron — z 2 kwarków
d i jednego
u), pomiędzy którymi oddziaływania przenoszą gluony (podobnie jak między naładowanymi elektrycznie cząstkami oddziaływania przenoszą fotony).
Atom danego pierwiastka jest opisany liczbą protonów w jądrze — tzw.
liczbą atomową Z (niezmienną i charakterystyczną dla tego pierwiastka); całkowitą liczbę protonów i neutronów tworzących jądro atomowe określa tzw.
liczba masowa A. Atomy tego samego pierwiastka chemicznego różniące się liczbą neutronów w jądrze stanowią
izotopy tego pierwiastka; stosunek liczby neutronów do liczby protonów w jądrze warunkuje trwałość jądra; duży nadmiar lub niedobór neutronów w stosunku do protonów jest przyczyną aktywności promieniotwórczej. Do początku 2008 oficjalnie uznano 111 pierwiastków, spośród których tylko pierwiastki o
Z ≤ 83 mają stabilne (trwałe) izotopy.
Atomu jako układu mikroskopowego nie można opisać pojęciami i formalizmem matematycznym fizyki klasycznej — nie można np. jednocześnie dokładnie wyznaczyć położenia i pędu elektronu w atomie (
Heisenberga zasada nieokreśloności). W opisującej atomy teorii kwantowej pojęcie toru elektronu traci sens; stany poszczególnych elektronów (ich energię, która jest skwantowana, tzn. może przybierać tylko pewne wartości dyskretne, średnie wartości pędu, prawdopodobieństwo znalezienia elektronu w elemencie przestrzeni) opisują
funkcje falowe (orbitale), scharakteryzowane 4
liczbami kwantowymi, przyjmującymi określone wartości. Główna liczba kwantowa
n (
n = 1, 2, 3, ...) określa energię elektronu, poboczna liczba kwantowa
l (
l = 1, 2, 3, ... ,
n − 1) — wartość orbitalnego momentu pędu, magnetyczna liczba kwantowa
m (
m = ±
l, ±(
l − 1), ... , 0) — rzut orbitalnego momentu pędu na wybrany kierunek, zaś spinowa liczba kwantowa
ms — rzut spinu elektronu na wybrany kierunek (może przyjmować tylko 2 wartości: +1/2 lub −1/2). W atomie, zgodnie z zasadą (zakazem) Pauliego, najwyżej 1 elektron może być opisany tym samym zespołem 4 liczb kwantowych. Elektrony opisywane orbitalami o tej samej wartości głównej liczby kwantowej tworzą 1
powłokę elektronową (elektrony o energii
En znajdują się w takiej samej odległości od jądra); powłoki oznacza się kolejno literami:
K (
n =1),
L (
n = 2),
M (
n = 3),
O (
n = 4), ...; elektrony opisywane orbitalami o takiej samej parze liczb kwantowych
n,
l, czyli o takiej samej energii orbitalnej, tworzą podpowłoki oznaczane kolejnymi literami:
s,
p,
d,
f,
g, ... Dalsze zróżnicowanie stanu kwantowego wprowadza magnetyczna liczba kwantowa, która decyduje o orientacji przestrzennej orbitalu; rozróżnia się np. orbitale
px,
py,
pz — każdy z nich mieści co najwyżej 2 elektrony różniące się liczbą
ms. Wynika stąd ściśle określone rozmieszczenie elektronów (
konfiguracja elektronowa) na poziomach i podpoziomach energetycznych (powłokach i podpowłokach), charakterystyczne dla każdego pierwiastka i warunkujące jego właściwości; np. konfiguracja elektronowa atomu litu w stanie podstawowym ma postać: 1
s22
s1 (2 elektrony w podpowłoce
s powłoki
K, 1 w podpowłoce
s powłoki
L), sodu: 1
s22
s2p63
s1 (2 elektrony w powłoce
K, 8 w powłoce
L, w tym 2 w podpowłoce
s i po 2 w podpowłokach
px,
py,
pz oraz 1 w podpowłoce
s powłoki
M). Elektrony najbardziej zewnętrznej powłoki elektronowej, zwane
elektronami walencyjnymi, mają decydujący wpływ na właściwości chemiczne pierwiastka (przede wszystkim biorą udział w tworzeniu wiązań chemicznych między atomami). Aby określić stan atomu, należy określić jego energię i moment pędu, który jest wypadkową momentów pędu orbitalnego i spinowego poszczególnych elektronów. Najniższy poziom energii atomu odpowiada jego stanowi podstawowemu, w tym stanie atom może przebywać dowolnie długo, jeśli nie działają na niego siły zewnętrzne; wszystkie wyższe poziomy energii odpowiadają stanom wzbudzonym o skończonym czasie życia (atom znajdujący się w jedym z tych stanów jest zwany atomem
wzbudzonym). Przejście atomu ze stanu podstawowego lub niższego stanu wzbudzonego do wyższego stanu wzbudzonego może zajść w wyniku pochłonięcia fotonu o odpowiedniej energii lub zderzenia np. z elektronem; natomiast przejście atomu ze stanu wzbudzonego do innego stanu wzbudzonego o niższej energii lub do stanu podstawowego łączy się z odprowadzeniem energii przez emisję fotonu (promieniowania świetlnego, jeśli jest to połączone z przeskokiem zewnętrznego elektronu na niższy poziom energetyczny lub promieniowania rentgenowskiego, jeśli przeskok elektronu następuje między wewnętrznymi powłokami elektronowymi ciężkiego atomu) lub elektronu, a także w wyniku zderzeń atomu z innymi atomami lub cząsteczkami.