W filozofii opowiadał się początkowo za nominalizmem, czyli przeciwko istnieniu powszechników (rodzajów, gatunków itd.), aby następnie przejść na pozycje przeciwne i opowiedzieć się za realizmem pojęciowym. Zbliżał się do panteizmu, uważając, że Bóg jest obecny we wszystkich istotach. W teologii od początku był zwolennikiem augustyńskiej nauki o predestynacji i łasce. Rozumiał ją jednak w sposób swoisty. jako przeznaczenie przez Boga każdego człowieka albo do zbawienia, albo do potępienia. Przeznaczenie, które wyklucza jego zmianę dokonywaną poprzez modlitwę lub dobre uczynki. Od czasu konfliktu z hierarchią kościelną zaczął opracowywać koncepcję idealnego Kościoła „niewidzialnego”, złożonego z „predysponowanych” (przeznaczonych do zbawienia) przez Boga, odrzucającego władzę instytucjonalną, a także wykluczającego przeznaczonych do potępienia. Kościół instytucjonalny uznawał za synagogę szatana, a papieża za Antychrysta. W serii traktatów opublikowanych 1376–79 (m.in.
De Civili Dominio) zawarł poglądy na temat władzy i własności dóbr doczesnych, przyznając królowi wyłączną władzę we wszystkich kwestiach ziemskich oraz domagając się od stanu duchownego (nie wyłączając papieża) życia w ubóstwie. W późniejszych traktatach głosił, że
Biblia jest jedynym źródłem Objawienia. Zainicjował przekład
Biblii na język angielski, a sam przełożył
Nowy Testament. Odrzucał z kanonu biblijnego księgi deuterokanoniczne, co później przejął protestantyzm. Postulował także wprowadzenie języka narodowego do liturgii. Odrzucał naukę o
transsubstancjacji, czyli przemianie zachodzącej podczas Eucharystii, a także spowiedź, twierdząc, że indywidualna, szczera skrucha w zupełności wystarczy. Zdecydowanie potępiał celibat kleru, kult świętych, relikwii i obrazów. Wszystkie te postulaty stały się później sztandarowymi hasłami husytyzmu, a potem reformacji.