Obrazy religijne W 1430–41 mieszkał na stałe w Brugii, gdzie prowadził duży warsztat; 1430 projektował dekoracje uroczystości zaślubin pary książęcej; 1426–32 ukończył rozpoczęty przez jego brata, Huberta, wielkoformatową Adorację Baranka Mistycznego w kościele Św. Bawona w Gandawie (tzw. Poliptyk Gandawski) — zakres autorskiego wkładu Jana w jego wykonanie nie jest jednoznacznie określony. W 1436 być może podróżował do Ziemi Świętej (wzmiankowana w źródłach Mappa mundi z Jerozolimą jako centrum świata). Wyjeżdżał do Arras, gdzie namalował jako dar księcia dla legata papieskiego, kardynała N. Albergatiego, obraz przedstawiający Św. Hieronima w pracowni (prawdopodobnie ukończony przez P. Christusa; Art Institute, Detroit). W Brugii powstały obrazy: Stygmatyzacja św. Franciszka (Galleria Sabauda, Turyn), Zwiastowanie (National Gallery, Waszyngton), Madonna Nicolasa Rolin, dla kanclerza dworu burgundzkiego (ok. 1431–1432 — Luwr), Madonna z Ince Hall (1433 — National Gallery, Melbourne), Madonna z Lukki (Städelsches Kunstinstitut, Frankfurt nad Menem), Madonna z kartuzem, (z J. Vosem, ok. 1431–1436, ukończona przez ucznia? — Frick Collection, Nowy Jork), malowane en grisaille Zwiastowanie (kolekcja Thyssena, Madryt), Madonna Georga van der Paele (kanonika kościoła Św. Donacjana, 1436 — Groeningemuseum, Brugia), Tryptyk z Madonną tronującą w kościele (1437 — Gemäldegalerie, Drezno), Św. Barbara (1437, pozostawiona w stanie szczegółowego rysunku na zagruntowanej desce — Koninklijk Museum voor Schone Kunsten, Antwerpia), Madonna przy fontannie (1439 — tamże), Madonna w kościele (1440? — Gemäldegalerie, Berlin), Tryptyk Nicholasa van Maelbeke z Madonną z Dzieciątkiem i figurą fundatora, proboszcza katedry w Ypres (ukończony po śmierci artysty, zapewne przez Christusa — dawniej w Warwick Castle). W dziełach tych van Eyck przywiązywał wagę do realistycznego i plastycznego przedstawienia figur i przedmiotów oraz do sugestii przestrzeni (stosował perspektywę intuicyjną oraz triki optyczne — np. odbicia w malowanych lustrach), ale przez rodzajowe elementy codzienności przekazywał „ukryte” treści symboliczne, stanowiące wykładnię chrześcijańskiej doktryny Zbawienia i dogmatu dziewiczego macierzyństwa Marii. O przynależności stylu van Eycka do późnego gotyku, tzw. gotyku łamanego, świadczą bogate układy ostro giętych draperii szat i monumentalizm figur. Był mistrzem koloru, którego nasycenie i głębię osiągał dzięki stosowaniu farb temperowych z dużym udziałem spoiwa oleistego oraz wielokrotnemu laserunkowemu nakładaniu barw na siebie. Rozbudował pejzaż w tłach.
Portrety Malował liczne portrety, głównie popiersiowe, uderzające realizmem rysów i plastycznością postaci: Baudouin de Lannoy (Gemäldegalerie, Berlin); tzw. Tymotheos — zapewne kompozytor nadworny Filipa Dobrego, Gilles de Binchois (1432); Mężczyzna w czerwonym turbanie, identyfikowany z hrabią Berlaimont (1433) — oba National Gallery, Londyn; Kardynał Niccolò Albergati?, Jan de Leeuw (1436) — oba Kunsthistorisches Museum, Wiedeń; Giovanni Arnolfini (Gemäldegalerie, Berlin); Portret żony Margarety (1439 — Groeningemuseum, Brugia); szczególny jest Portret małżeński Giovanniego Arnolfiniego i Giovanny Cenami (1434 — National Gallery, Londyn) — całopostaciowy, przekazujący naukę o sakramencie małżeństwa. Zmarł 22 lub 23 VI 1441 w Brugii.
Uczniowie i kontynuatorzy Van Eyck miał licznych uczniów i kontynuatorów (m.in. Christusa); silnie oddziałał też na styl XV-wiecznego malarstwa niderlandzkiego, a także niemieckiego, prowansalskiego i iberyjskiego; jego dzieła były wielokrotnie kopiowane i naśladowane w XV i XVI w.