Przeciwnik systemów racjonalistycznych Filozofia Kierkegaarda była nade wszystko gwałtownym protestem przeciwko systemom racjonalistycznym (zwłaszcza G.W.F. Hegla) i panteistycznym (romantyzm), w imię myślenia „egzystencjalnego”, które byłoby ekspresją doświadczenia jednostkowego, afirmowało wyjątkowość i niesprowadzalność indywidualnego, subiektywnego bytu, niemożność jego ujęcia w żadnym uniwersalnym systemie. Wątki tej filozofii były zaczerpnięte głównie z doświadczeń religijnych (paradoksalność wiary), zresztą w opozycji do chrześcijaństwa zorganizowanego w Kościołach (zwłaszcza w ostatnim okresie życia Kierkegaarda świadomość tej opozycji gwałtownie narastała). Usiłował odkryć autentyczną treść chrześcijaństwa, uwolnionego z racjonalistycznej tradycji, przede wszystkim greckiej, i wyzwalającego subiektywność, która sama siebie określa wobec Boga. Dla Kierkegaarda los człowieka był dialogiem człowieka z Bogiem, przy czym główną rolę odgrywała sytuacja odpowiedzialności, na którą każdy jest skazany, a dla której podjęcia nie ma nigdy dostatecznych wskazówek w kodeksach etycznych. Religia autentyczna istnieje tylko w świadomości indywidualnej; jednostki się nie sumują, a wszystkie wartości rzeczywiste realizują się w jednostce świadomej własnej wyjątkowości, w jej opozycji wobec wszelkiej „ogólności”, wobec anonimowego gatunku, tłumu, lub równie anonimowego rozumu. Wbrew heglizmowi, zadaniem człowieka nie jest „obiektywizacja”, tj. uzgodnienie własnej woli z wolą powszechną, ale osiągnięcie autentycznego życia jednostkowego, które ma charakter wewnętrzny, nieprzekazywalny, odosobniony. Po estetycznym stadium życia (zmysłowym), charakteryzującym się egoistycznym subiektywizmem pożądania, następuje w rozwoju człowieka stadium etyczne (refleksyjne), w którym realizuje się ogólność, podporządkowanie normom powszechnym, związek jednostki z państwem, społeczeństwem, interesem ogólnym; jednakże i ta forma życia musi ulec przezwyciężeniu na rzecz stadium religijnemu, w którym następuje powrót do subiektywności, jednakże nie subiektywności pożądania zmysłowego, lecz do subiektywności samotniczego oddania się ukrytemu Bogu. Jest to stan izolacji, ze świadomością grzechu jako konstytutywną zasadą życia, z poczuciem, że nigdy nie ma się racji wobec Boga; jest to życie w wierze, która zawiesza ważność norm etycznych i norm racjonalnego myślenia, godzi się na paradoks, absurd i sprzeczność. Wiara nie jest po prostu przekonaniem — przekonania nie mogą zbawić — ale sposobem egzystencji, w którym człowiek doświadcza przyciągania nieskończoności, a zarazem jej grozy. Wieczny lęk jest trwałą sytuacją autentycznego życia. Płynie on również z dualizmu powinności i bytu: rzeczywistości, która jest dana, i rzeczywistości będącej zadaniem moralnym — są to 2 heterogeniczne światy, między którymi przepaść daje się zasypać tylko aktem wiary. Chrześcijaństwo „obiektywne”, tj. chrześcijaństwo oparte na przekonaniach lub na związku z bezosobową organizacją religijną, jest pogaństwem; nie cnota, ale wiara jest przeciwieństwem grzechu. Chrześcijaństwo prawdziwe, w porównaniu (opozycji) do poszczególnych Kościołów, nie jest częścią świata i nie ma przeobrażać „urządzeń” zewnętrznych; wręcz przeciwnie — będąc transcendentne wobec historii i życia społecznego, realizuje się w niepowtarzalnej subiektywności każdego chrześcijanina z osobna. Dychotomia egzystencji przeżywanej w doświadczeniu, które nie daje się przełożyć na opis zewnętrzny, oraz reszty świata jako „bytu rzeczowego” (razem z instytucjami społecznymi, rozumem, wiedzą, historią) organizuje myśl Kierkegaarda; dychotomia ta jest źródłem analogicznych przeciwieństw w filozofii egzystencjalnej XX w. (Dasein i świat u M. Heideggera, „byt dla siebie” i „byt w sobie” u J.-P. Sartre’a, „być” i „mieć” u G. Marcela).
Znaczenie koncepcji Kierkegaard jako pierwszy próbował opisać świat subiektywny jako coś, co nie daje się potraktować ani jako jedna z dziedzin bytu oprócz innych, ani jako myśl o bycie, czyli coś, czego ani w kategoriach pozaludzkiego bytu, ani w kategoriach własnych treści niepodobna scharakteryzować. Koncepcja Kierkegaarda, sformułowana w języku religijnym (jednostka odnajduje swoją subiektywność tylko w świadomości grzechu w obliczu Boga), została podjęta w XX w. zarówno przez teologię protestancką, jak i filozofie całkowicie od tradycji religijnej niezależne.
Ważniejsze prace: O pojęciu ironii z nieustającym odniesieniem do Sokratesa (1841, wydanie polskie 1999), Albo–albo (1843, wydanie polskie t. 1–2 1976), Bojaźń i drżenie. Choroba na śmierć (1843 i 1849, wydanie polskie 1969), Powtórzenie (1843, wydanie polskie 1992), Pojęcie lęku (1844, wydanie polskie 1996), Okruchy filozoficzne. Chwila (1845, wydanie polskie 1988), Wprawki do chrześcijaństwa (1850, wydanie polskie 2002); wybory polskie: Dziennik uwodziciela (1992), Dziennik (wybór) (2000).