Starożytni Grecy używali pojęcia „autonomia” głównie w refleksji politycznej, oznaczając nim wolność polityczną miasta-państwa oraz nieobecność w jego ustroju tyranii; niekiedy pojęcie to odnoszono do wolności politycznej jednostki działającej zgodnie z powszechnie obowiązującym prawem, w którego stanowieniu uczestniczyła, łącząc je tym samym ze wskazaniem ustroju demokratycznym jako koniecznego warunku autonomii (Tukidydes). Stoicy kojarzyli autonomię jednostki już nie tyle z relacją między subiektywnym poczuciem normy a normami stanowionymi, co ze stosunkiem rozumu praktycznego do zasad rządzących uniwersum; cynicy zaś, żądający wyzwolenia się od namiętności oraz rezygnacji z przyjemności zewnętrznych, uzależniających człowieka od rzeczy lub innych ludzi, łączyli autonomię z
autarkią; sprzeciwiając się konwencjonalnym normom i instytucjom społecznym, cynicy uznali autonomię za zasadę właściwego sposobu życia człowieka, eksponując jego „zwierzęcą naturę” i nakazując świadomie wybierać nie wzorce niesione przez gromadzoną przez pokolenia wiedzę wspólnoty, ale środki służące zaspokojeniu elementarnych potrzeb (Diogenes z Synopy). Z pojęcia autonomii sporadycznie korzystali rzymscy stoicy (Cyceron). Problemy związane z autonomią sumienia rozważali liczni średniowieczni filozofowie moralni: nie używając zwykle tego pojęcia, wskazali oni 2 główne kierunki, które stały się punktem odniesienia dla myślicieli w kolejnych wiekach; np. św. Tomasz z Akwinu głosił, że nawet Bóg może zobowiązać człowieka tylko poprzez sąd jego sumienia, czyniąc pozornym przeciwieństwo między autonomią a teonomią (prawodawstwem Bożym), natomiast szkotyści, godząc się z heteronomicznym charakterem norm ustanowionych przez rozkazującego Boga, żądali ich respektowania z uwagi na imperatywną naturę woli ich Twórcy. W okresie odrodzenia, w następstwie zwrotu ku stoicyzmowi i epikureizmowi, podjęto refleksję nad różnymi aspektami tego pojęcia, nie tylko zwracając uwagę na autonomię jednostki i jej sił twórczych (np. Erazm z Rotterdamu) oraz korzystając z niego w dyskusjach na temat relacji między wolą człowieka a łaską (protestantyzm, jansenizm), ale i wykorzystując je, zwłaszcza w protestanckich krajach niemieckich, w refleksji prawniczej na oznaczenie, z jednej strony, niezależności woli prawodawcy danego kraju od norm narzucanych przez władców uniwersalnych (cesarza i papieża), z drugiej zaś — niepodległości sumienia jednostki wobec norm etyki absolutnej, nadal interpretowanej przez katolików w duchu średniowiecznej koncepcji uniwersalnego ładu chrześcijańskiego. Autonomię społeczności cząstkowych w stosunku do autonomii nadrzędnej uzasadniał fakt zróżnicowania wyznań w państwach niemieckich, stając się centralnym pojęciem w dyskusjach na temat pokoju między krajami cieszącymi się albo absolutną autonomią, identyfikowaną z ich suwerennością zewnętrzną, i wiążącymi się w konfederację, albo względną autonomią, nie będącą jednak darem władzy centralnej, i tworzącymi federację (F. Burgcardus, J. Althusius, Ch. Besold). W związku z postępującym procesem normowania coraz liczniejszych dziedzin aktywności poddanych, prawnicy zaczęli odnosić pojęcie autonomii nie tylko do krajów, ale także do mniejszych wspólnot i jednostek.
Za sprawą I. Kanta autonomia stała się głównym zagadnieniem filozofii nowożytnej, bowiem sformułowana przez niego koncepcja wolności transcendentalnej, jako niezależności od wszelkiej obcej determinacji, wiodła do stwierdzenia, że rozum praktyczny dyktuje podmiotowi reguły postępowania (
imperatyw kategoryczny). W tym ujęciu autonomia nie negowała uwarunkowań natury osobistej, społecznej, gospodarczej i politycznej, natomiast wymagała stałego potwierdzania siebie przez rozum praktyczny podmiotu, przeciwstawiając się heteronomii czynników empirycznych, woluntarystycznie pojętej teonomii szkotystów i tezie o koniecznej zgodności skłonności i powinności, głoszonej przez zwolenników tradycji arystotelesowsko-tomistycznej. Sformułowana przez Kanta zasada autonomii sprawiła, że moralność zaczęła poprzedzać wiarę i opartą na niej etykę, skoro nawet uznanie Chrystusa za twórcę norm wiążących istotę racjonalną byłoby abdykacją rozumu ludzkiego na rzecz norm pochodzących spoza niego samego i przezeń nie uznanych; zarówno wtedy, gdy działa bez jakichkolwiek zasad (popada w moralną anarchię), jak i wtedy, gdy działa wedle zasad narzuconych mu z zewnątrz, człowiek nie działa godziwie; postępuje moralnie tylko wówczas, gdy sam dla siebie stanowi prawo, gdy działa tak, aby wskazana przez jego rozum reguła działania mogła zostać uznana za powszechnie obowiązującą. Uznanie, iż miarą moralności jest sumienie człowieka, miarą etyczności zaś normy mające w istocie walor prawny, wbrew zarzutom krytyków, nie usuwało kontekstu normatywnego z rozważań Kanta, chociaż uniezależniało sumienie człowieka od determinującego wpływu czynników empirycznych i kwestionowało wartość etyczną skłonności przyrodzonych. Dopiero niektórzy egzystencjaliści, a po nich zwolennicy „moralności ponowoczesnej”, posługujący się myślą krytyczną F. Nietzschego, ostatecznie zerwali z tradycją znajdującą etyczny fundament autonomii moralnej człowieka. Identyfikując wiedzę z władzą, wskazywali oni na konieczność ostatecznego zerwania z „odgórnym przymusem” klasowym, politycznym i niesionym przez wszelkiego rodzaju autorytety epistemiczne w dziedzinie etyki; akcentując zaś pokawałkowanie codziennego doświadczenia, jaskrawą przygodność bytu, epizodyczność przeżyć i zawrotną zmienność wszelkich aspektów życia społecznego czynili autonomie moralną jednostki jedyną zasadą swej wizji moralności bez etyki (Z. Bauman).
Problem autonomii dzieli teologów i filozofów moralnych; katolicy wymagają spoglądania na autonomię człowieka z perspektywy jego szczególnego miejsca w hierarchii bytów, stawiają problem odwiecznego prawa Bożego i zakorzenionej w nim godności osoby ludzkiej jako podstawy tzw. praw człowieka i źródła powinności, wyprzedzającego sumienie i dlatego warunkującego jego wybory; wskazują, iż słuszna autonomia rozumu praktycznego oznacza, że człowiek posiada w samym sobie własne prawo, otrzymane od Stwórcy, natomiast nie oznacza tworzenia przez sam rozum wartości i norm moralnych, ani ich relacjonowania jedynie do okoliczności historycznych lub potrzeb różnych społeczeństw i kultur. Akcentując potrzebę zapewnienia każdej osobie ludzkiej możliwości ciągłego, harmonijnego i wszechstronnego rozwoju oraz normowania życia w ramach wspólnot, także cieszących się autonomią (rodzina, stowarzyszenia itp.), wskazują, że w kształtowaniu sumienia bardzo pomaga chrześcijanom
Magisterium Kościoła, co zdaniem protestantów istotnie ogranicza lub znosi jego autonomię, która winna się odnosić jedynie do norm objawionych (A. Hartmann), potwierdzając w ten sposób pozorną sprzeczność lub niesprzeczność swej autonomii i teonomii (P. Tillich, R. Otto).
Prawnicze ujęcie autonomii wykorzystał M. Weber, akcentując niezależność zasad postępowania obowiązujących w partykularnych grupach społecznych od czynników wobec nich zewnętrznych, ale też — wzorem przedstawicieli niemieckiej szkoły historycznej w filozofii prawa — zwracając uwagę na postępujący w okresie nowożytnym proces monopolizowania przez państwo ustanawiania norm obowiązujących nawet niewielkie społeczności; ten aspekt zagadnienia, w związku z uznaniem przez licznych współczesnych filozofów politycznych autonomii jednostki za polityczne dobro praworządnego społeczeństwa (J. Rawls), wymaga uznania, z jednej strony neutralności prawodawstwa państwowego, z drugiej jednak niebezpieczeństwa płynącego z niemożności wskazania innego podkładu wyborów sumienia niż narzuconego przez wolę prawodawcy. W psychologii i pedagogice, gdzie pojęcie autonomii jest coraz częściej wykorzystywane, wiąże się je z zachowywaniem integralności jednostki, opierającej się nieakceptowanym wzorcom zachowań, narzucanym przez różne instytucje społeczne (
manipulacja pedagogiczna). W psychologii „jaźni” wspomina się o autonomii funkcjonalnej jako niezależności człowieka od potrzeb dnia codziennego oraz zwraca uwagę na 2 poziomy autonomii: pierwotny (dyspozycje wrodzone podmiotu) i wtórny (wypracowane w ciągu życia, będące wynikiem praktycznych doświadczeń mechanizmy samoobrony).
