Przez półtora stulecia znaczna część twórczości Leibniza była nieznana, dopiero w 2. połowie XIX i w XX w. opublikowano Leibniza rękopisy, które rzuciły nowe światło na jego filozofię. Koncepcja filozoficzna Leibniza jest próbą koncyliatorskiego obrazu rzeczywistości, który mógłby pogodzić aspiracje racjonalnej myśli naukowej z doktryną teologiczną, usuwającą główne kontrowersje między różnymi wyznaniami chrześcijańskimi. Podstawą metafizyki (ontologii) Leibniza jest teoria monad (
monadologia), tj. elementarnych i niepodzielnych substancji o charakterze niematerialnym i nieprzestrzennym; monady, nie mając części, są niezniszczalne; nie mogą wpływać na siebie ani komunikować się ze sobą; przysługuje im immanentna, spontaniczna aktywność, która jest też cechą uniwersalną świata. Mimo to, według Leibniza, działanie monad jest uporządkowane, zachodzi też odpowiedniość między treściami naszego umysłu a rzeczywistością — nie w wyniku wpływów wzajemnych, ale dzięki „harmonii wprzód ustanowionej”, którą stwórca świata założył w jego budowie; zjawiskowo Wszechświat zachowuje się więc tak, jak gdyby panował w nim ścisły determinizm, chociaż metafizycznie nie ma w nim oddziaływań sprawczych. W świecie zjawiskowym działa też zasada ciągłości i powszechnej więzi rzeczy, tak iż w każdej monadzie odbija się niejako cały Wszechświat i można by, teoretycznie, odczytać całą historię świata z analizy dowolnej monady; a skoro pojęcie każdej rzeczy obejmuje wszystkie jej cechy, a więc również całą jej historię — także przyszłą — to można z pojęcia każdej rzeczy wysnuć wszelkie o niej wiadomości, tj. poznać cały świat a priori. W rzeczywistości nie jest to dla nas możliwe — pewne sądy (np. matematyki) okazują nam swoją konieczność, inne są przypadkowe; wobec tego zasada powszechnej analityczności sądów wymaga według Leibniza przyjęcia umysłu boskiego, z punktu widzenia którego wszystkie prawdy są równie konieczne. W świecie monad istnieje hierarchia, stanowiąca kontinuum i zróżnicowana zależnie od możliwości poznawczych — od najniższych, odpowiadających ciałom nieorganicznym, aż do Boga, monady najwyższej. Dusza ludzka jest także monadą, a ciało zbiorem monad niższego stopnia, monady najniższe mają tylko percepcje nieuświadomione, zwierzęta są zdolne do kojarzenia i czynności pamięciowych, swoistość człowieka polega na umiejętności rozumienia prawd koniecznych. Hierarchia świata jako całość jest urządzeniem celowym, które spełnia warunek realizacji maksimum dobra; wszelkie zło świata — jak wyjaśnia Leibniz w
Teodycei: o dobroci Boga, wolności człowieka i pochodzeniu zła (1710, wydanie polskie 2001) — jest tylko koniecznym warunkiem większego dobra, a świat jest urządzony tak, że ilość zła jest w nim najmniejsza, jaka być może. Leibniz w matematycznym sposobie myślenia upatrywał ideał wiedzy; stąd projekt ideograficznego języka,
characteristica universalis, w którym wszystkie idee proste miałyby swoje odpowiedniki graficzne i w którym można by uprawiać rozumowanie w zakresie dowolnych dziedzin myślenia, posługując się wzorami algebry i z równą, jak w algebrze, ścisłością. W zakresie religii Leibniz był zwolennikiem tendencji tolerancyjnych i irenicznych, zmierzających do zjednoczenia całego chrześcijaństwa i likwidacji walk wyznaniowych. W pracy
Wzorzec dowodów politycznych (1669, wydanie polskie 1843, wydanie 2 1969) zajął się problematyką elekcji króla w Polsce w okresie bezkrólewia 1668–69.